燃料動力電池汽車的工作原理是，使作為燃料的氫在汽車搭載的燃料動力電池中，與大氣中的氧發生化學反應，出現出電能發動電動機，由電動機帶動汽車中的機械傳動結構，進而帶動汽車的前后萬向軸、后橋等行走機械結構，轉動車輪驅動汽車。

與傳統汽車相比，燃料動力電池汽車與傳統的內燃機驅動汽車在構造及動力傳輸等方面的不同，為汽車的整體設計提出了新的要求。傳統內燃機汽車的發動機----變速器動力總成在燃料動力電池汽車中不復存在，取而代之的是燃料動力電池反應堆、蓄電池、氫氣罐、電動機、DC/DC轉化器等設備。而制動系統和懸架也相應變化。因此，根據燃料動力電池汽車自身特點，在設計時，應作相應的變化和改進。

燃料動力電池汽車具有以下優點：

1、零排放或近似零排放。

2、減少了機油泄漏帶來的水污染。

3、降低了溫室氣體的排放。

4、提高了燃油經濟性。

5、提高了發動機燃燒效率。

6、運行平穩、無噪聲。

燃料動力電池的反應結果將會出現極度少的二氧化碳和氮氧化物，這類化學反應除了電能外的副產品重要出現水，因此燃料動力電池汽車被稱為綠色的新型環保汽車。